公司清算要對員工進行賠償，賠償原則與解除勞動合同一樣。
《勞動合同法》第四十七條，經濟補償按勞動者在本單位工作的年限，每滿一年支付一個月工資的標準向勞動者支付。六個月以上不滿一年的，按一年計算;不滿六個月的，向勞動者支付半個月工資的經濟補償。 勞動者月工資高于用人單位所在直轄市、設區的市級人民政府公布的本地區上年度職工月平均工資三倍的，向其支付經濟補償的標準按職工月平均工資三倍的數額支付，向其支付經濟補償的年限最高不超過十二年。
公司清算分為兩種，一種為正常清算也稱公司清算，是指公司除因合并、分立或破產的原因解散外，公司被其他一切原因解散而適用的清算程序。一種是破產清算，是指公司資不抵債時依照《企業破產法》被依法宣告破產時適用的清算程序。
正常清算中，根據《公司法》第一百八十七條的規定：公司財產在分別支付清算費用、職工的工資、社會保險費用和法定補償金，繳納所欠稅款，清償公司債務后的剩余財產，有限責任公司按照股東的出資比例分配，股份有限公司按照股東持有的股份比例分配。也就是說職工的工資和社會保險費用排在清算費用之后。這時公司不存在資不抵債的情形，公司有能力支付員工的相關補償。
破產清算中，根據《企業破產法》第一百一十三條，破產財產在優先清償破產費用和共益債務后，依照下列順序清償：
(一)破產人所欠職工的工資和醫療、傷殘補助、撫恤費用，所欠的應當劃入職工個人賬戶的基本養老保險、基本醫療保險費用，以及法律、行政法規規定應當支付給職工的補償金;
(二)破產人欠繳的除前項規定以外的社會保險費用和破產人所欠稅款;
(三)普通破產債權。
破產財產不足以清償同一順序的清償要求的，按照比例分配。
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