專利侵權案件賠償數額的計算依據主要是《專利法》以及《最高人民法院關于審理專利糾紛案件適用法律問題的若干規定》(以下簡稱《規定》)。《專利法》對賠償的計算方式作了原則性的規定，《規定》細化了各種計算方法，并且增加了一種計算方法———法定賠償。
賠償的計算方式有四種：
1、根據侵權人因侵權獲得的利益計算
侵權人因侵權所獲得的利益可以根據該侵權產品在市場上銷售的總數乘以每件侵權產品的合理利潤所得之積計算。侵權人因侵權所獲得的利益一般按照侵權人的營業利潤計算，對于完全以侵權為業的侵權人，可以按照銷售利潤計算。
這里需要注意的是如果侵權人以侵權為業的，則按照銷售利潤計算。銷售利潤大于營業利潤，這樣的規定給被侵權人提供了計算的便利。
2、根據被侵權人因為侵權而受到的損失計算
權利人因被侵權所受到的損失可以根據專利權人的專利產品因侵權所造成銷售量減少的總數乘以每件專利產品的合理利潤所得之積計算。權利人銷售量減少的總數難以確定的，侵權產品在市場上銷售的總數乘以每件專利產品的合理利潤所得之積可以視為權利人因被侵權所受到的損失。
這個規定大大減小了專利權人的舉證難度，只要確定侵權人的銷售數量就可以了，也排除了侵權人的銷售并沒有下降，而損失無法計算的情形。
3、根據專利許可費的倍數確定賠償數額
權利人的損失或者侵權人獲得的利益難以確定，有專利許可使用費可以參照的，人民法院可以根據專利權的類型、侵權行為的性質和情節、專利許可的性質、范圍、時間等因素，參照該專利許可使用費的倍數合理確定賠償數額;
4、法定賠償
沒有專利許可使用費可以參照或者專利許可使用費明顯不合理的，人民法院可以根據專利權的類型、侵權行為的性質和情節等因素，依照專利法第六十五條第二款的規定確定賠償數額。
《專利法》第六十五條侵犯專利權的賠償數額按照權利人因被侵權所受到的實際損失確定;實際損失難以確定的，可以按照侵權人因侵權所獲得的利益確定。權利人的損失或者侵權人獲得的利益難以確定的，參照該專利許可使用費的倍數合理確定。賠償數額還應當包括權利人為制止侵權行為所支付的合理開支。
權利人的損失、侵權人獲得的利益和專利許可使用費均難以確定的，人民法院可以根據專利權的類型、侵權行為的性質和情節等因素，確定給予一萬元以上一百萬元以下的賠償。
最后需要說明的是，前三種計算方式可以由專利權人自行選擇對自己最有利的一種，而只有前三種計算方式都無法適用時，才可以采用第四種計算方法。
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